自1978年恢複研究生招生以來,基礎醫學院經過不斷地實踐和探索,研究生教育成績卓然,培養了大批的高層次醫學人才。
   近年來,學院多種措施並舉,加強對研究生的培養,為創新人才的培養打造了良好的科研條件和濃厚的學術氛圍。通過實施一係列卓有成效的舉措,學院研究生招生規模顯著擴大,研究生培養質量持續提升。現在,學院已逐步建立起一套學科門類齊全、學科優勢突顯、學科特色鮮明、學位類型多樣、導師實力雄厚、培養質量堅實、管理體製健全的研究生教育體係。
   目前,學院共有2個博士後流動站、2個一級學科博士點、13個二級學科博士點,共有博士生導師61人、碩士生導師102人。在讀博碩士研究生500餘人。
   在2012年全國學位與研究生教育基礎醫學一級學科博士點評估中,學院綜合實力排名全國第七。2016年全國第四輪學科評估中,基礎醫學一級學科獲評B+等級。基礎醫學一級學科同時為江蘇高校優勢學科建設工程一期、二期和三期項目立項學科。